Экспедиция была создана в соответствии с приказом Узбекского гидрогеологического треста Главного управления геологии и охраны недр при Совете Министров в 1955 году.
В 2007 году постановлением президента Республики Узбекистан экспедиция была переименована в Государственное предприятие «Приаральская гидрогеологическая экспедиция», что предусматривало проведение геологоразведочных работ, бурение поисково – разведочных и эксплуатационных скважин, а также проведение гидрогеологических и инженерно – геологических исследований на территории Каракадпакстана и Хорезмской области.
В Каракалпакстане, в частности, в 1984-1994 годах в результате детальных поисков и предварительной разведки были вскрыты лечебные минеральные воды на глубинах от 260 до 1000 м, пригодные для лечения органов опоры и движения, органов кровообращения, других органов. На все лечебные минеральные воды получены бальнеологические заключения. Немногим ранее, работниками экспедиции была проведена исследовательская работа для обоснования переброски стока сибирских рек, составлены детальные карты по трассе проектируемого канала, рассчитаны фильтрационные потери.