Нещодавня еколого-краєзнавча експедиція "Дністер-2003" виявила серйозні проблеми у стані поверхневих вад півдня області. Характерним для них є збільшення вмісту мінеральних форм азоту, що свідчить про забруднення господарсько-побутовими відходами. Особливо потерпають річка Дністер та її ліві притоки – Збруч, Смотрич, Жванчик, Мукша. Ці життєдайні артерії стали заручниками роботи недосконалих очисних споруд на підприємствах регіону. Висока розораність земель у басейні річок (три чверті загальної площі), недостатня лісистість (10-30 відсотків при оптимальних 40), насиченість сівозмін просапними культурами посилюють ерозійні процеси, що в остаточному підсумку веде до замулення дна.
Простежується й інша невтішна тенденція. Останніми роками у водоохоронних зонах та прибережних захисних смугах розгорнулося хаотичне будівництво та не завжди контрольована господарська діяльність. Не поліпшується, попри скорочення промислового виробництва, і гідрохімічний склад водойм. Зумовлене це здебільшого виливом антропогенних чинників, зокрема скиданням бруду.
Занепокоєння учасників експедиції станом збереження природних багатств подільського Придністров’я поділяють і в столичних кабінетах. Щойно з Мінекоресурсів України надійшов обнадійливий лист, у якому висловлюється вдячність організаторам та учасникам громадської акції. У документі зазначається, що територія басейну річки Дністер займає одне з чільних місць за наявністю раритетних видів рослин і тварин, унікальних геологічних об’єктів, має великий рекреаційний потенціал. А зберегти неповторні природні комплекси та забезпечити регламентоване використання рідкісних мальовничих ландшафтів допоможе створення Національного природного парку "Дністровський каньйон". Це передбачено загальнодержавною програмою формування екологічної мережі України, що реалізується до 2015 року.